Wenn man nicht weiß, was den Apfelbaum geschädigt hat, ist es natürlich sicherer, ihn in die graue Tonne zu kloppen.
Andererseits kann man davon ausgehen, daß a) Flechten völlig harmlos sind, b) die meisten Pilze und Bakterienkrankheiten nur Bäume befallen, die bereits geschwächt sind. Alte Apfelbäume, die schon häufig geschnitten wurden (also offene Wunden hatten), sind eher anfällig.
Bei Pilzen und Bakterien, die alte und kranke Bäume befallen, handelt es sich um Spezialisten, die überall in der Natur vorkommen. Es ist ihre biologische Aufgabe, diese Bäume zu zerlegen, auch, damit Platz für gesunde Bäume entsteht. Man kann das gut im Wald beobachten, wenn mitten in einem Bestand kranke Bäume von Pilzen und Bakterien abgebaut werden, ohne daß die gesunden Bäume davon beieinträchtigt oder gefährdet werden. Derart befallenes Holz kann man problemlos im Gartenkreislauf rotieren lassen, es stellt für gesunde Gehölze keine Gefahr dar. Nur als Beispiel: das Bild zeigt die "Holzmauer", welche meinen Garten vom angrenzenden Außengelände trennt. Das Holz verrottet mit Hilfe unzähliger Bakterien, Pilze und Kleinlebewesen, ohne daß auch nur einziges der umstehenden Gehölze Schaden nimmt.
Anders verhält es sich bei Schädlingen, die gesunde Bäume angreifen, zum Beispiel der Hallimasch. Bei einem Befall mit Hallimasch würde ich sorgfältig jedes Stückchen Myzel per Tonne entsorgen, eventuell sogar eher noch verbrennen.