Sowas passiert immer wieder, dass Schimmelbildung an Blumenzwiebeln auftritt, so z.B. auch an Tulpen, die zu lange gelagert wurden.
In so einem Fall drücke ich immer an den Zwiebeln; sind sie weich, schmeiße ich sie weg, sind sie hingegen noch hart, reibe ich den Schimmel oberflächlich ab, spüle mit Wasser nach und "verkleistere" dann desinfizierend die Wunde mit Holzasche aus dem Kamin oder vom Grill, bevor ich die Zwiebel pflanze.
Das hat sich bisher ganz gut bewährt.